1937年，日军入侵南京，战火中，六朝古都化为废墟，众多中国军民被困城中。一支十数人的国军德械教导队余部在长官李教官（佟大为 饰）指挥下，从日军手中救出了一批教会学校女学生，而李教官等人，至此丧失了出城的机会。幸免于难的书娟（张歆怡 饰）等学生返回文彻斯特教堂，随她们一 起来到的，还有受雇远道至此收敛神父遗体的美国人约翰·米勒（克里斯蒂安·贝尔 Christian Bale 饰）。此时的南京城中，逃难的人们蜂拥进安全区和教堂寻找庇护，十四名风尘女子强行进入教堂避难，其中精通英语的玉墨（倪妮 饰）希望借助约

庚子年，恰逢天象“四星合一”，预示改朝换代之征兆。 曹操（周润发 饰）的部属、尤其他的公子曹丕（邱心志 饰），希望借此良机推献帝禅位、曹操登基；同时反对曹操的势力，也加紧了行动，无人知晓四星合一之时，

乾隆年间山东省东昌知府蔡永昌被查出大量赃银，在押赴京城问罪的途中却神秘失踪，百万赃银也不知去向。听闻此事的乾隆大怒，命刘墉破获此案否则依法处置，并命各怀心思的山东巡抚富国泰与和珅协力调查。

民国初年，蒯少朋在修西苑工程中发现袁世凯政府倒卖古建筑的勾当，他修了一面消失的九龙壁以反抗袁世凯称帝的倒行逆施。后袁世凯倒台，蒯家为还债变卖家产，蒯少朋查出倒卖古建幕后黑手竟是袁世凯原内务总管董世昌。