U.C.0097时期，“拉普拉斯事变”的纷争终结后，2架独角兽高达被秘密封印，新吉翁残党“袖章”也随之瓦解。就在人类逐渐走出战争带来的阴影之时，失踪两年的独角兽三号机“凤凰”突然现身，拥有颠覆世界秩序

和平的天空之国出现危机，年幼的艾尔公主被安达格帝国的夺走了。勇敢的少女索拉追着公主进到不可思议的洞穴，却来到洞穴连接的另一个世界“空都市”。索拉正惊讶电视、汽车是不是魔法道具的时候，安达格帝国追来了！