如月学园刚刚结束了一年一度的文化祭圆满落下帷幕，高二学生中岛直美（生驹里奈饰）和青梅竹马持田哲志（池冈亮介饰）等人还留在教室里，大家依依不舍，都想在学校里多待一会儿。这时，突然响起一个炸雷，吓得大家连

U.C.0097时期，“拉普拉斯事变”的纷争终结后，2架独角兽高达被秘密封印，新吉翁残党“袖章”也随之瓦解。就在人类逐渐走出战争带来的阴影之时，失踪两年的独角兽三号机“凤凰”突然现身，拥有颠覆世界秩序